O Hotel Gracery Shinjuku fica a cinco minutos a pé da estação de Shinjuku, o maior terminal de trem do Japão, que é atendido por uma ampla malha ferroviária. A estação de Shinjuku é um conveniente centro, que oferece acesso a vários destinos dentro da área metropolitana de Tóquio bastando, para isso, pegar apenas um trem. O hotel fica a apenas 3 minutos a pé da estação de Seibu Shinjuku.